S45CFとS45CLはどちらも鉛入りS45Cですが、どのように区別されるのですか？

鉛添加の記号として、神戸製鋼所が「L」、大同特殊鋼が「F」を使っているというだけの違いです。
※2018年現在、神戸製鋼所は鉛入り鋼材を製造していません。