SS400とSGD3(3M)はどちらも普通鋼ですが、違いはありますか？

SSとは一般構造用圧延鋼材の略称の圧延黒皮材で、厳密に言えばみがき棒鋼の鋼種にSSは有りません。
みがき棒鋼の一般材はすべてSGDの記号が付きます。現在流通しているのはSGD3(3M)です。